Am 03. August 1904 gründen neunzehn junge engagierte Schwimmer den SC Hellas Magdeburg. Sehr früh gehörte auch der Wasserball zum regulären Programm und schnell konnten große Erfolge gefeiert werde. Bereits nach rund zwei Jahren gehörte der junge Verein nach Wettkampfsiegen zu den erfolgreichsten im Deutschen Schwimmverband.
Sportler des Hellas nahmen erfolgreich an nationalen und internationalen Wettkämpfen teil, erzielten Weltrekorde, errangen viele Siege und Olympiagold.
Zu den bekanntesten Sportlern der Zeit zählten Arno Bieberstein, der als erster Magdeburger im Schwimmen Olympisches Gold 1908 in London holte und Erich „Ete“ Rademacher, der in den 1920er Jahre der erfolgreichste deutsche Schwimmer war. Er stellte rund 30 Weltrekorde auf, errang in seiner Laufbahn 998 Wettkampfsiege und nahm an Olympischen Spielen teil. Dabei errang er 1928 in Amsterdam errang er dabei eine Goldmedaille im Wasserball. Beide Sportler wurden von der Stadt Magdeburg mit einer Gedenkplatte auf „Walk of Fame“ geehrt, an Rademacher erinnern zudem eine Straße und ein Freibad, die seinen Namen tragen.
Bereitsseit 1909 war ein ehemaliger Ziegeleiteich, die Griesemannsche Badeanstalt zwischen Schöppensteg und Pettenkoferstraße, die sportliche Heimstatt des Hellas. Ab 1920 war der Verein Eigentümer des Geländes und baute das Bad zu einer wettkampftauglichen Sportstätte mit benachbarten Tennisplätzen für seine Tennisabteilung aus.
1945 ereilte den SC Hellas das Schicksal vieler Vereine in der sowjetischen Besatzungszone. Auf Befehl des SMAD wurde er aufgelöst und enteignet. Das Bad wurde von der Stadt noch bis in die 1980er Jahre als Freibad genutzt, verfiel danach jedoch zusehends und ist heute nur noch als Biotop existent. Die Tennisplätze werden bis heute vom MTV Einheit genutzt.
Aktive Schwimmer und Wasserballer schlossen sich neuen Vereinen an, insbesondere der BSG Aufbau Börde, und konnten sportlich an alte Erfolge anknüpfen.
Eine Reihe aktiver „Hellenen“ hatten nach 1945 Magdeburg verlassen. Sie belebten 1956 den SC Hellas Magdeburg mit Sitz in Braunschweig neu, allerdings zunächst als Traditionssportverein ohne sportliche Tätigkeit, wobei jedoch der Kontakt in die alte Heimat, im Rahmen des Möglichen, nie gänzlich abbrach.
So war es nur folgerichtig, dass nach der Wiedervereinigung die Gelegenheit genutzt wurde, nach Magdeburg zurückzukehren und auch wieder sportlich aktiv zu werden. 1993 nahm die Hellas-Jugend den Trainingsbetrieb wieder auf. Der SC Hellas Magdeburg ist hauptsächlich in der Schwimmausbildung, im Jugend- und Breitensport aktiv. Anlässlich des zehnjährigen Bestehens der Sportjugend im Landessportbund Sachsen-Anhalt e. V. im Jahr 2000 wurde dem Hellas als einem der hundert kinder- und jugendfreundlichsten Sportvereine des Landes die Auszeichnung „Die coolen 100“ verliehen.
Im Jahr 2004 konnte der SC Hellas mit bereits wieder über 200 Mitgliedern seinen 100. Geburtstag begehen.